若葉鎮的健太和自己的寵物小精靈們一起進行著修行之旅。旅途中，他遇到了少女真理惠。久別重逢，為了確定彼此的實力，兩人展開了一場寵物小精靈比賽。 然而，比賽才開始，天空卻突然聚集起了雷云，雷鳴也隨之轟轟作響。與此同時，專門捕捉寵物小精靈的二人組突然登場，他們駕駛著巨大的機器抓走了許多精靈。 正當健太和真理惠與之對抗之時，傳說中的寵物小精靈雷神出現了……