2017年，地球受到Blue的襲擊，只有不到一千萬人能逃到瑟坎多亞斯特號（而且只有經過挑選的人才有優先權登陸），而且將拋棄在地球上的人視為“已死亡”。2029年，部隊在地球上發現了sleeper的相關資料。2031年，經研究后得知sleeper的秘密，并打算利用他們進行反擊，隨后實行回收sleeper的計劃。　　在國立免疫研究所經過與Blue的戰斗后，格蘭素小隊成功救出sleeper的幸存者祐司，便立即前往太空港準備返回瑟坎多亞斯特號。但在太空港遭到Blue的襲擊，形勢不利下被迫放棄太空港，負傷的隊長羅伯特帶領僅存的隊員裘依、瑪琳，..