鐵膽火車(chē)俠與黑暗軍團(tuán)兩軍離開(kāi)數(shù)年后。由于黑暗軍團(tuán)再?zèng)]有入侵地球的事被判明，JHR基地面臨著被封閉的命運(yùn)。不過(guò)現(xiàn)在，黑暗軍團(tuán)又再度襲來(lái)。他們的目的是為了帶給人類(lèi)不幸，并利用人類(lèi)小學(xué)生圣橋健太來(lái)協(xié)助他們做壞事。期間健太誤入了500系新干線所行使的鐵軌上而快要被火車(chē)撞到。就在這時(shí)，光能量從宇宙飛來(lái)并與500系新干線合體，電光快車(chē)俠Lightning West變形！鐵膽火車(chē)俠與黑暗軍團(tuán)的戰(zhàn)斗又再度展開(kāi)了。