冒險的舞臺在關東。少年小紅從口袋妖怪研究所的大木博士那里得到了搭檔小火龍，并與他一起展開大冒險。　　小紅的目的就是為了幫博士完成，口袋妖怪圖鑒的收集工作。因此他和小火龍一起和各種口袋妖怪相遇并戰斗。　　在戰斗中，小紅遇到了作為對手的小綠，并和其一起與火箭隊展開戰斗。為了與火箭隊的BOSS坂木展開對決，他們在去挑戰的過程中與各種未知的口袋妖怪相遇！