在電影開始開篇，場景被設置在40年前的一片大森林中。 一個叫小羽的男孩想進去那個森林去畫畫，在森林內，小羽遇到了被神奇寶貝獵人追捕并受重傷的雪拉比，當他們被神奇寶貝獵人追的走投無路的時候，雪拉比帶著小羽到了40年后，正好小智他們在這森林里，他們救了小羽，小羽告訴了小智他們關于雪拉比的事，小智他們救了雪拉比,并和他成為了好朋友。 與此同時，火箭隊的三干部之一比夏斯也在尋找著并打算捕獵雪比拉。他比夏斯擁有能將一切神奇寶貝變得兇惡的黑暗球，將雪拉比自小智他們的身邊奪走。為了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智與小羽拼命奮戰?？墒牵瑴厝岬难├纫?.